Una vez aclaradas estas cuestiones sobre las vacunas, hay que revisar el funcionamiento de los tres tipos de pruebas diagnósticas. En el diagnóstico molecular (como la PCR) se identifican uno o varios fragmentos del material genético del virus. Normalmente las dianas diagnósticas suelen ser los genes N, E, ORF1 y S (las PCR comerciales incluyen 2-3 genes) y utilizan muestras nasofaríngeas.
Es muy complicado que el material genético de virus vacunales inoculado por vía intramuscular llegue hasta las mucosas nasales, pero en el improbable caso de que ocurra solo estará el gen S (excepto con las vacunas inactivadas), y solo dará positivo a ese gen y negativo a todos los demás. Por lo tanto, sólo hay una remota posibilidad de ser positivo a una PCR con las vacunas inactivadas chinas.
El segundo tipo de prueba está basado en la detección de antígenos, y son pruebas rápidas que detectan la presencia de determinadas proteínas del virus, y en la mayoría de los casos la diana es la nucleocápside (antígeno N) y en unos pocos el RBD (situado en el antígeno S).
Ocurre como en el caso anterior, y excepto con las vacunas inactivadas chinas que tienen todos los antígenos, el único antígeno detectable en vacunados es el S, de manera que usando una prueba cuya diana antígeno N el resultado será negativo en vacunados (salvo si la vacuna es inactivada) y positivo en infectados por el virus. Sin embargo, si la diana es el S pueden ser positivos vacunados e infectados.
Por último, están las pruebas serológicas (como ELISA, CLIA y pruebas rápidas de flujo lateral) que determinan la presencia de anticuerpos frente a determinados antígenos del virus, y como hemos dicho anteriormente si solo vacunamos con el antígeno S solo habrá anticuerpos frente a él. Como en el caso anterior hay pruebas para detectar anticuerpos anti-N y anti-S. Si eres N+ indicará una infección previa por el virus, mientras que los vacunados serán N- (salvo los vacunados con las inactivadas chinas).
Antes de las vacunas la prueba de anticuerpos S se interpretaba igual, pero ahora serán S+ tanto vacunados como infectados. Sin embargo, la combinación de ambas pruebas nos proporciona una información muy interesante, porque podremos diferenciar entre vacunados (S+ y N-) e infectados (S+ y N+).
Por lo tanto, para contestar a la duda inicial debemos preguntar siempre: vacuna administrada y prueba diagnóstica utilizada (tipo y diana diagnóstica).